国土交通省WEBサイトより以下の周知が掲載されました
以下引用（2021年9月3日現在）※最新情報が更新されている可能性がありますのでご確認ください。
【航空局からのお知らせ】（最新情報順）
（2021-09-03）【重要】飛行申請提出先の変更について
航空法第132条第２項第２号の規定に基づく「飛行させる空域を管轄する空港事務所」に係る飛行許可の申請先については、令和3年10月1日から以下のとおり変更となります。
１．対象
空港等の制限表面等に関わる空域を飛行させる場合
地表または水面から150m以上の高さの空域を飛行させる場合
緊急用務空域を飛行させる場合（当該空域が指定された場合）
２．申請先
申請を必要とする飛行を行おうとする場所が、
◆ 新潟県、長野県、静岡県から東の区域の場合 ⇒「東京空港事務所長」
◆ 富山県、岐阜県、愛知県から西の区域の場合 ⇒「関西空港事務所長」
※ 東京航空局長および大阪航空局長あての申請に変更はありません。
なお、９月中の申請を予定されている方は、ホームページ上段「許可申請先変更のお知らせ」をご確認ください。
申請にあたっては、オンライン申請をご利用ください。ドローン情報基盤システム（DIPS）利用のお願い
ドローン情報基盤システムのお知らせにも掲載しております。
https://www.dips.mlit.go.jp/portal/news
（参考）
東日本→東京航空局「航空法に基づく運航関係許可等申請・届出先の変更について」
西日本→大阪航空局「航空法に基づく運航関係許可等申請・届出先の変更について」